Jung não vê a alquimia só como a precursora da química. Para ele, era também, e talvez sobretudo, um processo de transformação filosófica, uma espécie de ioga ocidental. Os alquimistas, trabalhando com metais e substâncias no escuro da matéria, projetavam nela conteúdos do próprio inconsciente, e por isso os seus textos falam, sem saber, da psique.
Jung descobriu que as imagens dos alquimistas, como a união do rei e da rainha, a morte e a putrefação, a pedra filosofal, apareciam também nos sonhos dos seus pacientes. Isso o levou a estudar a alquimia por décadas, em obras como Psicologia e alquimia (1944) e Mysterium Coniunctionis. Ele a chama de precursora vacilante da psicologia moderna, cujo segredo era a transformação da personalidade pela fusão de elementos nobres e vulgares.
A obra alquímica, com as suas etapas de escurecimento, branqueamento e avermelhamento, serviu a Jung como um mapa simbólico do processo de individuação. A alquimia também lhe mostrou uma tradição que, ao lado do cristianismo, tentava incluir a matéria, o feminino e o lado escuro.
