Coniunctio quer dizer conjunção, união. Na alquimia, é a operação central da obra: a união de substâncias opostas, figurada como o casamento do sol e da lua, do rei e da rainha, do homem vermelho e da mulher branca, da qual nasce a pedra filosofal. Jung lembra que a palavra designava também o que hoje chamamos de ligação química e de afinidade.
Mas a coniunctio é também, para ele, uma imagem a priori: o arquétipo da união dos opostos, que aparece nos mitos, na mística (a unio mystica) e na liturgia. Muitas vezes os textos a descrevem como um incesto entre irmão e irmã, ou mãe e filho, o que Jung lê simbolicamente como a união de coisas que pertencem à mesma família interior.
Psicologicamente, a coniunctio é a união da consciência com o inconsciente, do masculino com o feminino dentro da pessoa. Jung a estudou em A psicologia da transferência e em Mysterium Coniunctionis, a sua última grande obra, e a viu também em ação na relação entre analista e paciente.


